Funcionamiento anómalo del sistema inmunitario que desencadena una reacción frente a alguno de sus componentes. En su desarrollo, el sistema inmunitario es capaz de distinguir lo que le pertenece (antígenos propios) de lo que le es extraño (es decir, no propio). En el caso de la autoinmunidad, el sistema inmunitario no reconoce como propios y por tanto inocuos algunos de sus elementos constitutivos y reacciona contra el propio organismo.
El fenómeno está en la base de las llamadas enfermedades autoinmunes, como la artritis reumatoide, el lupus eritematoso sistémico, la esclerosis múltiple.